Kingdom Hearts é um jogo com uma história extremamente complexa, e muitas brechas para suposições.
Eu desenvolvi algumas teorias depoies de tanto tempo jogando, e vou colocar todas aqui ^^

As partes em roxo são os argumentos.



Macen Report I: Keyblade e seus portadores

A Keyblade é um tipo de força da natureza, quase uma entidade, mas não é consciente ou inteligênte. Ela não possui lados, não é boa nem má, mas pode se apresentar como trevas ou luz dependendo das circunstâncias. Ela reaje a estimulos do ambiente, assim como cria seus próprios efeitos sobre a natureza.
Pois é visto que ela é capaz de escolher seu dono e sofrer alterações através dele ou de seu reino de origem (fatos apresentados em KH1)

Quando uma pessoa possui um coração muito forte, seja para o bem ou para o mal, ele pode controlar essa força, que toma a forma de uma lâmina-chave capaz de reduzir toda e qualquer coisa a seu estado original e mais primário.
Pois como podemos ver, ela é a unica arma que afeta Heartless e Nobodies, ou assim é dito.

A Keyblade está de alguma forma ligada a Kingdom Hearts, e consequentemente exerce influência sobre os corações alheios.
Fato que a tornaria tão poderosa contra os Heartless e capaz de selar ou levar a Kingdom Hearts (fatos apresentados em KH1)

Conforme o coração de seu portador evolui e se trensforma a aparência poderes da Keyblade podem sofrer algumas alterações, mas em sua essência a Keyblade é unica e imutável. Seu número também pode ser alterado pelo portador, de fato existem tantas Keyblades quanto pessoas capazes de porta-las, pois ela pode se dividir e multiplicar sem deixar de ser uma única força.
Vemos isso através dos Keychain e Forms

A Keyblade reaje de modo diferente nos diferentes Reinos, podendo assumir formas e poderes únicos em cada um, que possuem uma representação máxima da Keyblade, a Kingdom Key, que pode ser baseada em Trevas ou Luz.
O que explicaria a Keyblade de Sora e Mickey (fatos apresentados em KH1)


Macen Report II: Reinos e Kingdom Hearts

Quando o mundo se dividiu em muitos, sua constituição tabêm foi alterada.
Em uma parte do espaço ficaram os mundos que são feitos de luz em sua essência, este lugar ficou conhecido como Reino da Luz.
Porém em outra parte do espaço os mundos passaram a se basear em trevas, então este lugar passou a ser conhecido como Reino das Trevas.
Os dois reinos são separados pelo Reino do Meio, com mundos feitos tanto de Trevas quanto de Luz.
Além de todos os Reinos não há mundo ou espaço algum, tornado este lugar o próprio Reino do Vazio.

Independente dos tipo dos mundos, um muro de material desconhecido separa a todos eles. Através de material alheio ao próprio mundo é possivel viajar através desse muro, assim como corredores de Trevas podem ser construidos atravessando estes muros. De resto é impossivel atravessa-los.
Explicado o meio de viajar entre os mundos...(fatos apresentados em KH1)

Os corações, tanto dos mundos quanto das pessoas, quando têm seu receptáculo destruido viajam até um ponto especifico do espaço onde ficava o mundo original, e lá se reunem formando a maior concentração de corações possivel, Kingdom Hearts.
Por alguma razão desconhecida, quando todos corações se unem sua luz se torna mais forte, e expulsa as trevas que fazem parte de si para fora, mas não para muito longe...
Estas trevas cercam Kingdom Hearts criando um muro completamente impenetrável, e que também torna Kingdom Hearts invisivel de qualquer lugar do espaço. Apenas os corações conseguem chegar até lá... Mas em alguns pontos podem surgir portas que passam através dessas trevas, levando diretamente a Kingdom Hearts.
Explicando assim por que é necessário meios diversos para encontra-lo, uma vez que não se pode "esbarrar" nele (fatos apresentados em KH1)


Macen Report III: Heartless

Ao alterar a composição natural dos corações, Xehanort causou seu colapso. Independente do tipo de experimento, seja aumentando as trevas ou aumentando a luz, o coração era engolido pelas trevas, seu corpo desaparecia o que restava se tornava uma sombra.
Fatos apresentados pelos Ansem Report(KH1)

Os heartless são feitos básicamente de trevas, mas em seu centro ele mantém o coração de quando era vivo. A luz desse coração é o que permite que suas trevas sejam propagadas como uma lampada propaga uma sombra.
Mas essa luz se extingue lentamente, então o Heartless tem que roubar a luz de outros corações, destruindo o equilibrio deles e dando origem a um novo Heartless já faminto.
Explicando por que A vitima do Heartless torna-se também um Heartless

Quanto maior e mais forte o coração devorado, mais poderoso se torna o heartless, mas há um limite para a luz que ele pode devorar sem que essa engula toda sombra e trevas de seu ser. Então apenas Heartless já grande podem devorar o coração de um mundo inteiro, mas nenhum Heartless pode realmente devorar Kingdom Hearts... Sua luz é forte demais para que o Heartless se mantenha estável.
Explicando o sistema hierárquico dos Heartless e por que Ansem foi incapaz de encarar Kingdom Hearts (fatos apresentados em KH1)

Como o coração é a base dos sentimentos e emoções humanas, mas está sempre restrito a razão, então a pessoa é capaz de controlar seus instintos e impulsos. Mas como o Heartless perde seu corpo, mantendo a existência apenas como um coração, a onda de sentimentos e emoções o transformam em uma criatura irracional, incapaz de agir conscientemente.
Por algum motivo, existem aqueles que são capazes de mesmo como Heartless manter a ligação de seu coração com o coração de antigos amigos, podendno assim manter parte de suas memórias e sanidade. Talvez isso ocorra apenas aqueles capazes de portar a Keyblade, donos de corações com poderes fenomenais, ou talvez o sacrificio voluntário seja a causa...
Explicando a irracionalidade da maioria dos Heartless e suas exceções, Sora e Ansem (fatos apresentados em KH1)

Aparentemente a Keyblade é a única capaz de reduzir o Heartless a essência do próprio coração, que pode finamente retornar a Kingdom Hearts. Outras armas são capazes de destruir os Heartless temporariamente, mas não permanentemente.
Baseado em explicações dadas em KH1 e combates visto em KH2


Macen Report IV: Nobody

Quando o coração de alguem com uma força de vontade imessuravel é tomado pelas trevas, tornando-se um Heartless, seu corpo e alma são enviados através dos mundos até um local completamente neutro, no reino do meio.
Eventualamente seu corpo desprotegido é consumido pelas trevas no meio do caminho, e sua alma desabrigada se mantém no espaço conhecido por quanto tempo durar sua força de vontade, mas normalmente irá despararecer para algum lugar alem do conhecimento atual.
Baseado nas explicações de Yen Sid (fatos apresentados em KH2)

Essa vontade da pessoa pode acabar encontrando um corpo. Talvez o próprio corpo que sobreviveu a passagem pelo corredor de trevas, talvez um corpo que perdeu sua própria vontade por alguma razão, ou mesmo um corpo artificial... Ele então habitará este receptáculo, conservando sua consciencia e memórias, mas tendo perdido seu coração nesta nova existência ele se torna incapaz de qualquer emoção ou sentimento, está condenado a vagar guiado apenas pela razão com memórias de algo que não pode mais possuir.
Isto explicaria a semelhança absurda de grupos de Nobodies (KH2)

Mais cedo ou mais tarde todo Nobody se esquece de quem foi, mantendo apenas a própria busca por aquilo que perdeu, um coração. Apenas aqueles realmente poderosos podem passar por este estado com poucas alterações. Destes, 13 membros conhecidos formaram uma organização, que passou a reunir corações de Heartless na tentativa de encontrar o próprio coração. O objetivo final era criar um Kingdom Hearts artificial, que uma vez liberado levaria qualquer um dentro dele para dentro do Kingdom Hearts real automaticamente.
Para facilitar seu plano a Organização passou a construir corpos artificiais para outros nobodies mais fracos que serviriam como ajudantes, e a manipular os portadores da Keyblade, única capaz de separar o coração dos Heartless para que eles capturassem.
Mais uma vez explicando a semelhança entre Nobodies, além do plano real da Org. XIII (KH2)






Macen Report V: Ven - Roxas - Sora (teoria extra)

Ven
Tudo começa com Ven em KH:BBS.
Por algum motivo, em algum evento, o estado de Ven é comprometido.
Ele passa a lentamente perder algo de si mesmo, então para evitar que o perca completamente seus amigos o "congelam" no tempo em algum lugar, até que possam encontrar uma cura permanente.
Até agora são apenas suposições baseadas no curto trailer de KH:BBS.
Xehanort to Ven: Xehanort: "It seems you have lost something. However, unless what you have lost is put back into your hands, it will be gone forever. Once you obtain it, hold on to it and understand the truth!"
Ven to Terra: "I don't want to be depended on...you are my 'friend'. Just erase me."

Então passam-se 10 anos.
Quando Xehanort se tornou um Nobody ele parece ter recuperado suas memórias (fosse ele Terra, DK ou o verdadeiro Xehanort mesmo), ou talvez ele nunca as tenha realmente perdido...
De qualquer forma, ele passou então a buscar por Aqua e Ven(o que me leva a crer que ele foi Terra). E aparentemente encontrou ambos.
Isto é apenas baseado em uma cena do KH2FM+, onde alguns membros da Org. XIII discutem o verdadeiro interesse de Xemnas, alem da localização da Room os Sleep e Room of Awakening, e o que haveria dentro delas

Enquanto o destino de Aqua é incerto, Roxas teria sido encontrado no Castle Oblivion.
Talvez seu estado tenha se agravado de forma irreversivel, ou talvez Xemnas não se importasse com o estado dele...
De qualquer forma ele ainda possuia um corpo e um coração perfeitamente conservados, o que significa que sob comando da Org. XIII poderia empunhar a Keyblade e coletar corações...

Sora
Quando Sora enfiou a Keyblade de Riku em seu peito para liberar o coração de Kairi, ele liberou também as próprias trevas, dando origem a um Heartless.
Como era dono de uma vontade muito forte, seu corpo e alma partiram até o Reino do meio para dar origem a um Nobody.
Mas talvez por ter entregado seu coração deliberadamente, ou por ser um portador da Keyblade, Sora manteve sua consciencia e controle mesmo como Heartless, e Kairi conseguiu então trazer seu corpo de volta a ele.
Em KH1 é dito que Kairi apenas fez Sora assumir sua antiga aparência. isto poderia ser interpretado como o fato de Sora continuar sendo um mero coração, só que com a aparencia de seu antigo eu, ainda sem um corpo ou alma.
Eu pessoalemtne acho isto extremamente improvavel. Se Sora estava sem corpo, então nada separava seu coração das trevas ao seu redor, rapidamente ele seria consumido e transformado em Heartless novamente.
Além de que, se as memorias permanecem com o corpo, então o fato de Sora manter o proprio corpo explica a ausencia de memorias em Naminé e Roxas

Roxas
Antes mesmo de nascer, seu corpo teria sido tomado de volta por Sora. O que aconteceu com a alma é incerto, talvez tenha sido dividida entre os dois ou talvez Roxas tenha perdido ela também, assim como Naminé.
De qualquer forma, sem um corpo ele estava condenado a perecer, então Xemnas interviu vendo a oportunidade perfeita.
Com um Nobody sem memoria alguma em um corpo capaz de carregar a Keyblade, ele teria um membro capaz de acelerar o plano da Org. XIII
Se ele esperava que Roxas fosse um ocupante temporario do corpo de Ven, se isso fazia parte da cura dele, ou se ele apenas não ligava mais, ainda é desconhecido, mas ele levou seu plano em diante mesmo assim...
Estas conclusões não possuem uma única base sólida, são apenas deduções lógicas baseadas nos fatos anteriores e falhas da história, que encaixadas resultam perfeitamente neste resultado, que alem disso explica o fato de Roxas e Ven utilizarem as mesmas roupas, terem a mesma voz, serem completamente idênticos e Roxas ser capaz de empunhar a Keyblade, algo que apens alguem com um coração deveria ser capaz de fazer.